Ve druhém pokračování trilogie Matrix pokračuje Neo (Keanu Reeves) společně s Morpheem (Laurence Fishburne) a Trinity (Carrie-Anne Moss) v boji proti počítačovým vládcům univerza. Čeká je boj s armádou strojů a jejich arzenálem počítačově nelidských schopností a zbraní. Pokud ale chtějí zastavit zotročování lidstva, není jiná možnost než boj na život a na smrt.
Nezbývá jim nic jiného než proniknout hluboko do struktur Matrixu a během 72 hodin objevit a zlikvidovat centrum Zion i s jeho pomocnými jednotkami. A aby toho nebylo málo, Neo ze svých temných nočních můr ví, že Trinitiným osudem je smrt. Neo se však proti osudu už jednou dokázal vzbouřit...