Odsúdený vrah Callum Lynch (Michael Fassbender) je nedobrovoľne prepustený z cely smrti, aby sa stal súčasťou stáročného boja medzi asasínmi, templármi a španielskymi inkvizítormi. Jeho novým väzením je tajné zariadenie Abstergo vybavené revolučnou technológiou Animus, ktorá odhaľuje genetické spomienky v ľudskej DNA a umožňuje mu vrátiť a prežiť spomienky predkov, ktoré sa v minulosti stratili.
Vďaka Animusu sa Callum spojí so svojím predkom žijúcim v Granade a Seville počas španielskej inkvizície v 15. storočí. Volá sa Aguilar de Nerha a je členom Bratstva vrahov, ktoré už stáročia vedie tajnú vojnu s templárskym rádom, svojím odvekým nepriateľom.
Tajná organizácia asasínov sa zaviazala chrániť slobodnú vôľu ľudstva a snaží sa zabrániť templárom, aby sa s pomocou inkvizície zmocnili mocného artefaktu zvaného Rajské jablko. A práve tento artefakt je podľa templárov nástrojom na ovládnutie celého sveta...
